Страница 1 из 1
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии) [Решено]
Добавлено: 31 дек 2023, 19:55
Артур_М
С наступающим, наступившим (у кого наступил) новым годом!
У меня установлен Rosa_mate_R11
Мне сделали снимок КТ аппаратом Planmeca ProMaxx. Несколько врачей, в разных городах, пытались открыть dicom файл. У них у всех был установлен windows и появлялось сообщение, о повреждении файла.
У себя на Rosa установил много бесплатных программ, для просмотра снимков компьютерной томографии. Все программы или открыли в срезе axial, или вообще ни чего не показали.
Только программа Weasis показала в двух срезах:
Axial, Coronal.
Sagittal не открыл.
Загрузил файл в программу:
File → Open Dicom → выбрал файл.
2D Viewer → Open in new tab → MPR
Оперативная память, во время загрузки файла, используется 7.7 Гб. После загрузки, при просмотре снимков 5.7 Гб.
Пожелание к разработчикам Rosa:
сделайте так, чтобы в трёх срезах показывала.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 31 дек 2023, 20:01
irton
А разработчики Роса причем? Обращайтесь к разработчикам программы в которой хотите видеть поддержку этих осей
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 31 дек 2023, 20:10
Артур_М
irton писал(а): ↑31 дек 2023, 20:01
А разработчики Роса причем? Обращайтесь к разработчикам программы в которой хотите видеть поддержку этих осей
В Rosa должна быть хотя бы одна программа, показывающая в трёх срезах, для того, чтобы ею пользовались, при просмотре Dicom файлов.
Эта статья не только пожелания к разработчикам, но и руководство для тех, кто не может посмотреть снимки КТ на windows
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 31 дек 2023, 20:16
VictorR2007
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 31 дек 2023, 20:21
VictorR2007
Артур_М писал(а): ↑31 дек 2023, 20:10
В Rosa должна быт хотя бы одна программа, показывающая в трёх срезах
А что, у других есть?
Они существуют для Линукс?
Или вы имеете ввиду, что Роса должна нанять программистов, чтобы они написали программу, и добавить её в репы?
Как-то непонятно, что вы имеете ввиду под «Должна».
Если есть ссылка на такую программу для Линукс, дайте ссылку,
и если у ней лицензия позволяет, можно добавить в репы.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 31 дек 2023, 20:52
Артур_М
DICOM Library - на сайте
https://www.dicomlibrary.com/ написано "Softneta прекратила поставки в Россию и Беларусь"
post Dicom - для 14 дневного бесплатного пользования.
IMAIOS DICOM Viewer - не загружает мой файл с облака.
Voxelx для 15 дневного бесплатного пользования.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 31 дек 2023, 21:11
Артур_М
"А что, у других есть?
Они существуют для Линукс?"
Для ubuntu есть несколько.
"Или вы имеете ввиду, что Роса должна нанять программистов, чтобы они написали программу, и добавить её в репы?
Как-то непонятно, что вы имеете ввиду под «Должна»."
Мне, как пользователю, Rosa ничего не должна.
"Если есть ссылка на такую программу для Линукс, дайте ссылку,
и если у ней лицензия позволяет, можно добавить в репы."
Ищу в интернете такую работающую программу под Rosa. Нашёл только Weasis
https://weasis.org/en/getting-started/d ... m-viewer/
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 31 дек 2023, 23:03
VictorR2007
Вы можете цитировать не копируя текст.
Показал на рисунке.
Процитировали и ответили, потом выделили следующий текст для цитирования.
И т.д.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 31 дек 2023, 23:08
VictorR2007
Вас остановила такая мелочь?
Как раз для решения таких проблем используется Tor-Browser
https://tor-browser.ru/
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 01 янв 2024, 21:35
Sartorius
Артур_М писал(а): ↑31 дек 2023, 21:11
Для ubuntu есть несколько.
Параллельно с Росой использую Ubuntu - нашёл под неё только программу Weasis, но она позовляет только "поштучно" просматривать файлы DICOM, не позволяя сделать их плавную прокрутку.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 02 янв 2024, 07:27
Артур_М
Параллельно с Росой использую Ubuntu - нашёл под неё только программу Weasis, но она позовляет только "поштучно" просматривать файлы DICOM, не позволяя сделать их плавную прокрутку.
Здравствуй Sartorius.
Я тоже параллельно использую ubuntu mate 16.04. У меня работают две программы для просмотра dicom файлов:
. В ней можно одновременно в трёх срезах смотреть снимок. Возможно вы неправильно пользуетесь программой. Выше я написал, как загрузить файл в программу и смотреть снимок. Навороченная программа, только недостаток есть. Потребляет более 5,7 Гб оперативной памяти.
простая программа.
Можно смотреть на экране по очереди в трёх срезах: Axial, Coronal, Sagittal. Преимущество в том, что потребляет примерно 3.5 Гб оперативной памяти. С процессором двух ядерным, с кэш памятью 2мб - работает быстро. В Роса не устанавливается.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 02 янв 2024, 13:36
turik02
Артур_М, В репозитории ROSA есть:
Amide - кроссплатформенный GTK+ инструмент для просмотра, регистрации и анализа объемных наборов данных медицинской визуализации (только он не запускается, пишет в терминале "стёк памяти сброшен". Попросите починить, она есть и в ALT Linux),
XMedcon - это инструментарий и библиотека с открытым исходным кодом для преобразования медицинских изображений, разработанная в основном для преобразования реконструированных ядерных медицинских изображений. (ярлык не создаётся, запуск через usr/bin),
Aeskulap — это программа просмотра медицинских изображений, созданная как альтернатива коммерческим программам просмотра DICOM с открытым исходным кодом и основанная на glademm, gtkmm и gconfmm (известный).
Может есть ещё что-то
https://yandex.ru/search/?text=mrviewer ... 87&win=623
Онлайн просмотрщик DICOM Viewer
https://www.dicomlibrary.com/ работает.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 02 янв 2024, 14:34
turik02
Артур_М, А Weasis можно поставить через flathub
https://flathub.org/apps/io.github.nroduit.Weasis
(Для смены языка программы выберите пункт меню «File» - «Preferences...», в открывшемся окне настроек откройте пункт General – Language и выберите из списка необходимый язык). (Работает в Xorg).
sudo dnf install flatpak
flatpak install
https://dl.flathub.org/repo/appstream/i ... flatpakref
и перезагрузка
Ещё есть в shap
https://snapcraft.io/jimbodicomviewer
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 02 янв 2024, 23:36
Sartorius
Артур_М писал(а): ↑02 янв 2024, 07:27
В ней можно одновременно в трёх срезах смотреть снимок. Возможно вы неправильно пользуетесь программой. Выше я написал, как загрузить
Загрузил файл в программу:
File → Open Dicom → выбрал файл.
2D Viewer → Open in new tab → MPR
Вы имеете ввиду единичный файл, а я подразумеваю серию томограмм, размещённых в одной папке (директории).
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 03 янв 2024, 04:55
Артур_М
turik02 писал(а): ↑02 янв 2024, 13:36
Артур_М, В репозитории ROSA есть:
Amide - кроссплатформенный GTK+ инструмент для просмотра, регистрации и анализа объемных наборов данных медицинской визуализации (только он не запускается, пишет в терминале "стёк памяти сброшен". Попросите починить, она есть и в ALT Linux),
XMedcon - это инструментарий и библиотека с открытым исходным кодом для преобразования медицинских изображений, разработанная в основном для преобразования реконструированных ядерных медицинских изображений. (ярлык не создаётся, запуск через usr/bin),
Aeskulap — это программа просмотра медицинских изображений, созданная как альтернатива коммерческим программам просмотра DICOM с открытым исходным кодом и основанная на glademm, gtkmm и gconfmm (известный).
Может есть ещё что-то
https://yandex.ru/search/?text=mrviewer ... 87&win=623
Онлайн просмотрщик DICOM Viewer
https://www.dicomlibrary.com/ работает.
Здравствуй turik02
- Amide - не видит мой dicom файл.
- XMedcon запустил из usr/bin, не видит мой dicom файл.
- Aeskulap - открывает файл, но можно смотреть только Axial срез.
- MRview - есть только deb пакет. Попробую позже преобразовать в rpm.
- https://www.dicomlibrary.com/ для просмотра нужно загрузить мой файл на их сервер, а он весит 2гб. Сейчас не могу проверить работает ли на их сайте, так как у меня нет столько мегабайтов.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 03 янв 2024, 23:40
turik02
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 04 янв 2024, 05:02
irton
mrview3 собрал для платформы 2021.1 и 2023.1
2016.1 уже не поддерживаем.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 04 янв 2024, 15:47
Sartorius
irton писал(а): ↑04 янв 2024, 05:02
mrview3 собрал для платформы 2021.1 и 2023.1
А ссылочку можно? Или она уже добавлена в "репы"?
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 04 янв 2024, 19:36
turik02
Sartorius, Уже в репах. Имя
mrtrix3 (версия 3.0.4)
У меня платформа 2021.1. Конфликтует с cdrkit-genisoimage .Удалил его и mrtrix3 установился.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 05 янв 2024, 03:55
irton
Да конфликт есть, но прога собирается нестандартно и я пока не придумал как разрулить конфликт. Сами разработчики пишут что типа ставьте из архива, а потом каталог в котором программа добавляйте в PATH.
Upd. Конфликт пофиксили, должно ставится нормально
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 07 янв 2024, 04:06
Артур_М
turik02 установил через flatpak
flatpak install flathub io.github.nroduit.Weasis
Перегрузил компьютер.
Без изменений. Sagittal срез не открыл.
Программа jimbodicomviewer. Для скачивания, только deb пакеты, rpm - нет.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 07 янв 2024, 04:37
Артур_М
turik02 писал(а): ↑04 янв 2024, 19:36
Sartorius, Уже в репах. Имя
mrtrix3 (версия 3.0.4)
У меня платформа 2021.1. Конфликтует с cdrkit-genisoimage .Удалил его и mrtrix3 установился.
У меня в репозитории mrtrix3 нет.
urpmi.update -a
Откуда можно скачать программу?
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 07 янв 2024, 08:07
nickm
Артур_М писал(а): ↑31 дек 2023, 19:55
У меня установлен Rosa_mate_R11
Артур_М писал(а): ↑07 янв 2024, 04:37
У меня в репозитории mrtrix3 нет.
irton писал(а): ↑04 янв 2024, 05:02
2016.1 уже не поддерживаем.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 07 янв 2024, 12:14
turik02
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 07 янв 2024, 13:45
Артур_М
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 07 янв 2024, 14:49
turik02
Артур_М, Вот из репы ROSA2021.1
https://disk.yandex.ru/d/JaJGM-kG4TUovA
Если не установится RPM, то надо переустанавливать ОС. Уже готовится 2023.1
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 07 янв 2024, 15:01
Артур_М
Нужно удалить зависимости, которые мне нужны, для работы других программ.
Можно в Роса обновить платформу с 2016 до 2021?
В ubuntu например, можно обновить. При этом не нужно повторно устанавливать, установленные программы и настройки.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 07 янв 2024, 17:47
irton
2016 до 2021 обновить нельзя. Только переустановка.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 09 янв 2024, 08:22
Артур_М
На официальном сайте загрузки
нет Роса mate 12 платформы.
А тут
Код: Выделить всё
https://abf.rosalinux.ru/platforms/rosa2021.1/products/317
есть. Это официальный сайт?
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 09 янв 2024, 12:04
irton
Артур_М писал(а): ↑09 янв 2024, 08:22
нет Роса mate 12 платформы.
официально mate не выпускается.
Артур_М писал(а): ↑09 янв 2024, 08:22
Это официальный сайт?
это сайт сборочной системы, просто кто-то сделал сборку с mate на основе репозитария Роса
зы. Если разговор сменился на "где взять сборки" то лучше отдельной темой в соответствующем разделе.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 10 янв 2024, 03:17
turik02
Артур_М, Наверное лучше будет сборка ROSA mate 13 платформы уже
https://abf.io/platforms/rosa2023.1/products/417
А почему именно mate? Чем плохи другие, если нужна легковеска, то можно выбрать LXQT или XFCE.
Можно скачать образ с оф. сайта, сделать флешку загрузочной, запустить и выбрать LIVE. И сможете ознакомиться с системой перед установкой.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 10 янв 2024, 06:17
Артур_М
irton, спасибо за ссылку 13 платформы, но я уже скачал 12 платформу. Вообще меняю платформу, что бы работала программа mrtrix3 и Weasis.
А почему именно mate?
Потому, что её можно настроить, что бы стала похожей на ubuntu 10.04 c рабочей средой Gnome2. Для меня это самая понятная рабочая среда и легковесная.
Когда перестала поддержка Gnome2, я перешёл на рабочую среду mate.
Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии)
Добавлено: 15 янв 2024, 08:28
Артур_М
Скачал здесь
https://abf.io/platforms/rosa2023.1/pro ... ists/49520
Устанавливается, только с консоли.
Скачал ROSA_2021.1_MATE_x86_64 здесь
https://abf.rosalinux.ru/platforms/ros ... sts/49532
и установил
Программа mrtrix3 установилась и работает. Одновременно можно снимки смотреть в трёх срезах.
Проблема решена.
Спасибо.