Просмотр Dicom файлов (снимки компьютерной томографии) [Решено]

[Артур_М]

С наступающим, наступившим (у кого наступил) новым годом!
У меня установлен Rosa_mate_R11

Мне сделали снимок КТ аппаратом Planmeca ProMaxx. Несколько врачей, в разных городах, пытались открыть dicom файл. У них у всех был установлен windows и появлялось сообщение, о повреждении файла.

У себя на Rosa установил много бесплатных программ, для просмотра снимков компьютерной томографии. Все программы или открыли в срезе axial, или вообще ни чего не показали.

Только программа Weasis показала в двух срезах:
Axial, Coronal.
Sagittal не открыл.

Загрузил файл в программу:
File → Open Dicom → выбрал файл.
2D Viewer → Open in new tab → MPR

Оперативная память, во время загрузки файла, используется 7.7 Гб. После загрузки, при просмотре снимков 5.7 Гб.

Пожелание к разработчикам Rosa:
сделайте так, чтобы в трёх срезах показывала.

[irton]

А разработчики Роса причем? Обращайтесь к разработчикам программы в которой хотите видеть поддержку этих осей

[Артур_М]

А разработчики Роса причем? Обращайтесь к разработчикам программы в которой хотите видеть поддержку этих осей

В Rosa должна быть хотя бы одна программа, показывающая в трёх срезах, для того, чтобы ею пользовались, при просмотре Dicom файлов.
Эта статья не только пожелания к разработчикам, но и руководство для тех, кто не может посмотреть снимки КТ на windows

[VictorR2007]

А онлайн просмотрщики DICOM Viewer не открывают?
https://www.imaios.com/ru/resursy/blog/ ... com-viewer

[VictorR2007]

В Rosa должна быт хотя бы одна программа, показывающая в трёх срезах

А что, у других есть?
Они существуют для Линукс?
Или вы имеете ввиду, что Роса должна нанять программистов, чтобы они написали программу, и добавить её в репы?
Как-то непонятно, что вы имеете ввиду под «Должна».
Если есть ссылка на такую программу для Линукс, дайте ссылку,
и если у ней лицензия позволяет, можно добавить в репы.

[Артур_М]

А онлайн просмотрщики DICOM Viewer не открывают?
https://www.imaios.com/ru/resursy/blog/ ... com-viewer

DICOM Library - на сайте https://www.dicomlibrary.com/ написано "Softneta прекратила поставки в Россию и Беларусь"
post Dicom - для 14 дневного бесплатного пользования.
IMAIOS DICOM Viewer - не загружает мой файл с облака.
Voxelx для 15 дневного бесплатного пользования.

[Артур_М]

"А что, у других есть?
Они существуют для Линукс?"

Для ubuntu есть несколько.

"Или вы имеете ввиду, что Роса должна нанять программистов, чтобы они написали программу, и добавить её в репы?
Как-то непонятно, что вы имеете ввиду под «Должна»."

Мне, как пользователю, Rosa ничего не должна.

"Если есть ссылка на такую программу для Линукс, дайте ссылку,
и если у ней лицензия позволяет, можно добавить в репы."

Ищу в интернете такую работающую программу под Rosa. Нашёл только Weasis
https://weasis.org/en/getting-started/d ... m-viewer/

[VictorR2007]

Вы можете цитировать не копируя текст.
Показал на рисунке.
Процитировали и ответили, потом выделили следующий текст для цитирования.
И т.д.

[VictorR2007]

DICOM Library - на сайте https://www.dicomlibrary.com/ написано "Softneta прекратила поставки в Россию и Беларусь"

Вас остановила такая мелочь?
Как раз для решения таких проблем используется Tor-Browser https://tor-browser.ru/

[Sartorius]

Для ubuntu есть несколько.

Параллельно с Росой использую Ubuntu - нашёл под неё только программу Weasis, но она позовляет только "поштучно" просматривать файлы DICOM, не позволяя сделать их плавную прокрутку.

[Артур_М]

Параллельно с Росой использую Ubuntu - нашёл под неё только программу Weasis, но она позовляет только "поштучно" просматривать файлы DICOM, не позволяя сделать их плавную прокрутку.

Здравствуй Sartorius.
Я тоже параллельно использую ubuntu mate 16.04. У меня работают две программы для просмотра dicom файлов:

• Weasis

. В ней можно одновременно в трёх срезах смотреть снимок. Возможно вы неправильно пользуетесь программой. Выше я написал, как загрузить файл в программу и смотреть снимок. Навороченная программа, только недостаток есть. Потребляет более 5,7 Гб оперативной памяти.

• MRview

простая программа.

Можно смотреть на экране по очереди в трёх срезах: Axial, Coronal, Sagittal. Преимущество в том, что потребляет примерно 3.5 Гб оперативной памяти. С процессором двух ядерным, с кэш памятью 2мб - работает быстро. В Роса не устанавливается.

[turik02]

Артур_М, В репозитории ROSA есть:
Amide - кроссплатформенный GTK+ инструмент для просмотра, регистрации и анализа объемных наборов данных медицинской визуализации (только он не запускается, пишет в терминале "стёк памяти сброшен". Попросите починить, она есть и в ALT Linux),
XMedcon - это инструментарий и библиотека с открытым исходным кодом для преобразования медицинских изображений, разработанная в основном для преобразования реконструированных ядерных медицинских изображений. (ярлык не создаётся, запуск через usr/bin),
Aeskulap — это программа просмотра медицинских изображений, созданная как альтернатива коммерческим программам просмотра DICOM с открытым исходным кодом и основанная на glademm, gtkmm и gconfmm (известный).

Может есть ещё что-то https://yandex.ru/search/?text=mrviewer ... 87&win=623
Онлайн просмотрщик DICOM Viewer https://www.dicomlibrary.com/ работает.

[turik02]

Артур_М, А Weasis можно поставить через flathub https://flathub.org/apps/io.github.nroduit.Weasis
(Для смены языка программы выберите пункт меню «File» - «Preferences...», в открывшемся окне настроек откройте пункт General – Language и выберите из списка необходимый язык). (Работает в Xorg).

sudo dnf install flatpak

flatpak install https://dl.flathub.org/repo/appstream/i ... flatpakref

и перезагрузка

Ещё есть в shap https://snapcraft.io/jimbodicomviewer

[Sartorius]

В ней можно одновременно в трёх срезах смотреть снимок. Возможно вы неправильно пользуетесь программой. Выше я написал, как загрузить

Загрузил файл в программу:
File → Open Dicom → выбрал файл.
2D Viewer → Open in new tab → MPR

Вы имеете ввиду единичный файл, а я подразумеваю серию томограмм, размещённых в одной папке (директории).

[Артур_М]

Артур_М, В репозитории ROSA есть:
Amide - кроссплатформенный GTK+ инструмент для просмотра, регистрации и анализа объемных наборов данных медицинской визуализации (только он не запускается, пишет в терминале "стёк памяти сброшен". Попросите починить, она есть и в ALT Linux),
XMedcon - это инструментарий и библиотека с открытым исходным кодом для преобразования медицинских изображений, разработанная в основном для преобразования реконструированных ядерных медицинских изображений. (ярлык не создаётся, запуск через usr/bin),
Aeskulap — это программа просмотра медицинских изображений, созданная как альтернатива коммерческим программам просмотра DICOM с открытым исходным кодом и основанная на glademm, gtkmm и gconfmm (известный).

Может есть ещё что-то https://yandex.ru/search/?text=mrviewer ... 87&win=623
Онлайн просмотрщик DICOM Viewer https://www.dicomlibrary.com/ работает.

Здравствуй turik02

• Amide - не видит мой dicom файл.

• XMedcon запустил из usr/bin, не видит мой dicom файл.

• Aeskulap - открывает файл, но можно смотреть только Axial срез.

• MRview - есть только deb пакет. Попробую позже преобразовать в rpm.

• https://www.dicomlibrary.com/ для просмотра нужно загрузить мой файл на их сервер, а он весит 2гб. Сейчас не могу проверить работает ли на их сайте, так как у меня нет столько мегабайтов.

[turik02]

Артур_М, Вот ещё aliza https://flathub.org/apps/com.github.Ali ... ng.AlizaMS

А MRview что ли это https://disk.yandex.ru/d/DS_DQSfHRB7G5g

[irton]

mrview3 собрал для платформы 2021.1 и 2023.1
2016.1 уже не поддерживаем.

[Sartorius]

mrview3 собрал для платформы 2021.1 и 2023.1

А ссылочку можно? Или она уже добавлена в "репы"?

[turik02]

Sartorius, Уже в репах. Имя
mrtrix3 (версия 3.0.4)

У меня платформа 2021.1. Конфликтует с cdrkit-genisoimage .Удалил его и mrtrix3 установился.

[irton]

Да конфликт есть, но прога собирается нестандартно и я пока не придумал как разрулить конфликт. Сами разработчики пишут что типа ставьте из архива, а потом каталог в котором программа добавляйте в PATH.

Upd. Конфликт пофиксили, должно ставится нормально

[Артур_М]

Сообщение turik02 » 02 янв 2024, 14:34

Артур_М, А Weasis можно поставить через flathub https://flathub.org/apps/io.github.nroduit.Weasis
(Для смены языка программы выберите пункт меню «File» - «Preferences...», в открывшемся окне настроек откройте пункт General – Language и выберите из списка необходимый язык). (Работает в Xorg).

sudo dnf install flatpak

flatpak install https://dl.flathub.org/repo/appstream/i ... flatpakref

и перезагрузка

Ещё есть в shap https://snapcraft.io/jimbodicomviewer

turik02 установил через flatpak
flatpak install flathub io.github.nroduit.Weasis
Перегрузил компьютер.
Без изменений. Sagittal срез не открыл.

Программа jimbodicomviewer. Для скачивания, только deb пакеты, rpm - нет.

[Артур_М]

Sartorius, Уже в репах. Имя
mrtrix3 (версия 3.0.4)

У меня платформа 2021.1. Конфликтует с cdrkit-genisoimage .Удалил его и mrtrix3 установился.

У меня в репозитории mrtrix3 нет.
urpmi.update -a
Откуда можно скачать программу?

[nickm]

У меня установлен Rosa_mate_R11

У меня в репозитории mrtrix3 нет.

2016.1 уже не поддерживаем.

[turik02]

Артур_М, Попробуй https://disk.yandex.ru/d/DS_DQSfHRB7G5g

[Артур_М]

Непрочитанное сообщение turik02 » 07 янв 2024, 12:14

Артур_М, Попробуй https://disk.yandex.ru/d/DS_DQSfHRB7G5g

[turik02]

Артур_М, Вот из репы ROSA2021.1 https://disk.yandex.ru/d/JaJGM-kG4TUovA

Если не установится RPM, то надо переустанавливать ОС. Уже готовится 2023.1

[Артур_М]

Артур_М, Вот из репы ROSA2021.1 https://disk.yandex.ru/d/JaJGM-kG4TUovA

Нужно удалить зависимости, которые мне нужны, для работы других программ.

Можно в Роса обновить платформу с 2016 до 2021?
В ubuntu например, можно обновить. При этом не нужно повторно устанавливать, установленные программы и настройки.

[irton]

2016 до 2021 обновить нельзя. Только переустановка.

[Артур_М]

На официальном сайте загрузки

Код: Выделить всё

https://rosa.ru/rosa-linux-download-links/

нет Роса mate 12 платформы.
А тут

Код: Выделить всё

https://abf.rosalinux.ru/platforms/rosa2021.1/products/317

есть. Это официальный сайт?

[irton]

нет Роса mate 12 платформы.

официально mate не выпускается.

Это официальный сайт?

это сайт сборочной системы, просто кто-то сделал сборку с mate на основе репозитария Роса

зы. Если разговор сменился на "где взять сборки" то лучше отдельной темой в соответствующем разделе.

[turik02]

Артур_М, Наверное лучше будет сборка ROSA mate 13 платформы уже https://abf.io/platforms/rosa2023.1/products/417

А почему именно mate? Чем плохи другие, если нужна легковеска, то можно выбрать LXQT или XFCE.
Можно скачать образ с оф. сайта, сделать флешку загрузочной, запустить и выбрать LIVE. И сможете ознакомиться с системой перед установкой.

[Артур_М]

irton, спасибо за ссылку 13 платформы, но я уже скачал 12 платформу. Вообще меняю платформу, что бы работала программа mrtrix3 и Weasis.

А почему именно mate?

Потому, что её можно настроить, что бы стала похожей на ubuntu 10.04 c рабочей средой Gnome2. Для меня это самая понятная рабочая среда и легковесная.
Когда перестала поддержка Gnome2, я перешёл на рабочую среду mate.

[Артур_М]

turik02 » 10 янв 2024, 03:17

Артур_М, Наверное лучше будет сборка ROSA mate 13 платформы уже https://abf.io/platforms/rosa2023.1/products/417

Скачал здесьhttps://abf.io/platforms/rosa2023.1/pro ... ists/49520
Устанавливается, только с консоли.
Скачал ROSA_2021.1_MATE_x86_64 здесь https://abf.rosalinux.ru/platforms/ros ... sts/49532
и установил

Программа mrtrix3 установилась и работает. Одновременно можно снимки смотреть в трёх срезах.
Проблема решена.
Спасибо.