ROSAForum

Добрый день!
Я пытаюсь собрать для росы актуальную версию пакета samtools https://github.com/samtools/samtools
Сделал собственный проект в ABF: https://abf.io/gena/samtools
Сделал SPEC-файл. На локальной машине все собирается и работает. При локальной установке собранного rpm все проходит гладко. Ошибок никаких.

При сборке с помощью ABF не проходят тесты со следующим сообщением:

Tests failed
A package with the same name (R-Rsamtools:) and same or newer version (0:1.20.4-1:2014.1) already exists in repositories!

Я совершенно не понимаю, почему возникает это сообщение.
R-Rsamtools - это другой пакет, который предоставляет интерфейс к samtools для языка R. https://abf.io/import/R-Rsamtools
У него другое имя, что видно из лога.
Почему R-Rsamtools и samtools -- это package with the same name?



Сссылка на билд: https://abf.io/build_lists/2709908

У вас там всё нормально.
Строка «A package with the same name (R-Rsamtools:) and same or newer version (0:1.20.4-1:2014.1) already exists in repositories!»
это просто предупреждение.
А тест провалился из-за этой строки с ошибкой Это не страшно.
Бывает иногда, что на сборочном окружении не создаётся файл /etc/mtab.
Далее пишет что Installation is possible.

Т.е. Pull Request делать можно.
Спасибо!
Буду знать, что так бывает. Хотя вообще это неприятно, получать ошибки из-за проблем со сборочной средой. Кстати предыдущая сборка у меня вообще упала с ошибкой, и я так и не понял почему. Тоже вроде что-то со сборочной средой.

А сообщение "A package with the same name (R-Rsamtools:) and same or newer version (0:1.20.4-1:2014.1) already exists in repositories" ИМХО все равно выглядит очень непонятно и вводит в заблуждение.
Если речь идет о том, что в его названии есть подстрока samtools, то лучше было бы сменить "same name" на "similar name". Есть багтрекер, куда можно написать improvement?

Gena писал(а):Т.е. Pull Request делать можно.
Спасибо!
Буду знать, что так бывает. Хотя вообще это неприятно, получать ошибки из-за проблем со сборочной средой. Кстати предыдущая сборка у меня вообще упала с ошибкой, и я так и не понял почему. Тоже вроде что-то со сборочной средой.

А сообщение "A package with the same name (R-Rsamtools:) and same or newer version (0:1.20.4-1:2014.1) already exists in repositories" ИМХО все равно выглядит очень непонятно и вводит в заблуждение.
Если речь идет о том, что в его названии есть подстрока samtools, то лучше было бы сменить "same name" на "similar name". Есть багтрекер, куда можно написать improvement?

Если бы не заругалось на /etc/mtab, вы бы вообще не увидели эту строку.
Так что не парьтесь.
Кстати, что это за программа?

Это набор утилит для биоинформатики. Конкретно, для работы с данными секвенирования ДНК.
Применяется для обработки и конверитрования результатов, которые выдают программы выравнивания, например bwa: https://abf.io/import/bwa
Оригинальная ветка, откуда я брал spec, очень древнющая (2012 год).
В убунте все эти пакеты достаточно новые, а здесь проблемы. Решил исправить.

Кстати, с bwa тоже странно. В проекте import/bwa spec-файл обновлен до последней версии (0.7.15, а в текущей росе (2014.1) через urpmi ставится намного более старая (0.6.2).

Gena писал(а):Это набор утилит для биоинформатики. Конкретно, для работы с данными секвенирования ДНК.

Я не думал, что кого-то в Росе интересуют такие проги.

Gena писал(а):
Кстати, с bwa тоже странно. В проекте import/bwa spec-файл обновлен до последней версии (0.7.15, а в текущей росе (2014.1) через urpmi ставится намного более старая (0.6.2).

Вы из какого репозитория ставите?
Сейчас глянул, в 2016.1 и в 2014.1 — стоит версия 0.7.15
https://abf.io/import/bwa/build_lists#? ... eload=true

Если всё так сложно, то просто установите этот пакет: http://file-store.rosalinux.ru/api/v1/f ... 413c09ff9b

Gena писал(а): А сообщение "A package with the same name (R-Rsamtools:) and same or newer version (0:1.20.4-1:2014.1) already exists in repositories" ИМХО все равно выглядит очень непонятно и вводит в заблуждение.
Если речь идет о том, что в его названии есть подстрока samtools, то лучше было бы сменить "same name" на "similar name". Есть багтрекер, куда можно написать improvement?

Видимо, пакет с такой же версией уже есть в репозиториях. У вас обновленная система?

Про bwa:
Проверил в чистой версии Rosa R8 KDE на виртуалке. Действительно, версия последняя. Может, у меня что-то не обновилось вовремя.
И еще я не обратил внимание, что urpmq -i выдает инфо по всем версиям пакетов, поэтому там сначала идет 0.6.2, а только потом 0.7.5.

Про samtools:
В моей системе собирается и ставится хорошо. Никаких ошибок и warning-ов. Сообщение про "package with the same name" возникло только на ABF.
В оригинальной системе пакета с названием samtools вроде нет. Только биндинги к R Сожностей на самом деле никаких. Для себя я могу и из исходников собрать. Мне как раз было интересно разобраться как делать rpm, и внести вклад в расширение пакетной базы дистрибутива. Pull request отправил.
Я наверное и другие нужные мне программы из области биоинформатики попробую на ABF собрать.
Спасибо!

Gena писал(а):Сожностей на самом деле никаких. Для себя я могу и из исходников собрать. Мне как раз было интересно разобраться как делать rpm, и внести вклад в расширение пакетной базы дистрибутива. Pull request отправил.
Я наверное и другие нужные мне программы из области биоинформатики попробую на ABF собрать.
Спасибо!

Если серьёзно, то это вам огромное спасибо.

Пожалуйста!

Кстати, если я правильно понял, Pull request можно сделать только на те проекты, которые склонированы с имеющихся в ABF (например, из server или import).
Как тогда отправить запрос на включение в основные репозитарии дистрибутива пакета, которого раньше там не было?
Например, сейчас я думаю собрать в пакет picard tools https://github.com/broadinstitute/picard

Gena писал(а): Как тогда отправить запрос на включение в основные репозитарии дистрибутива пакета, которого раньше там не было?

Просить разработчиков чтобы добавили.